Vào chiều ngày thứ Tư 23.02.2000, Ðức Gioan Phaolô II đã thực hiện một cuộc hành hương "thiêng liêng" đến Ur, sinh quán của Tổ phụ Abraham, người cha trong đức tin củaKitô hữu. Gọi là hành hương "thiêng liêng" bởi vì Ðức Thánh Cha đã không thể làm một cuộc hành hương thật sự đến vùng này hiện thuộc quyền kiểm soát của Irak.

Cuộc hành hương "thiêng liêng" được diễn ra trong Thính đường Phaolô VI với những hình ảnh về vùng nam Irak và các địa điểm liên quan đến cuộc đời Abraham được trình chiếu trên màn ảnh truyền hình thật lớn. Nghi thức hành hương còn gồm cả một số bài đọc từ Cựu Ước liên quan đến vai trò của Abraham và ơn gọi từ Thiên Chúa. Xen kẽ với những bài đọc là thời gian cầu nguyện và suy niệm. Trang trí trong Thính đường đều có liên quan đến cuộc đời Abraham và giao ước giữa ông và Thiên Chúa. Có khoảng 30 Hồng y và 100 Giám mục cùng tham dự cuộc hành hương "thiêng liêng" này của Ðức Thánh Cha.

Chiều ngày hôm sau, thứ Năm 24.02.2000, Ðức Thánh Cha đã đến Ai cập, bắt đầu chuyến công du ngoại quốc lần thứ 90. Tại phi trường thủ đô Cairo, ngài đã được các vị lãnh đạo chính quyền và tôn giáo tiếp đón một cách trọng thể: Tổng thống Hosni Mubarak, Giáo tông Shenouda III của Giáo hội Chính thống Coptic, Giáo chủ Stephanos II Ghattas của Giáo hội Công giáo Coptic và Ðại giáo trưởng Mohammed Sayed Tantaw, lãnh đạo tinh thần của khoảng 1 tỉ người Hồi giáo khắp thế giới thuộc hệ phái Sunny và là hệ phái lớn nhất của Hồi giáo.

Trong thời gian lưu lại Ai cập từ ngày 24 đến 26.02.2000, Ðức Thánh Cha ngoài việc gặp gỡ Tổng thống Mubarak, đã đàm đạo với Giáo tông Shenouda III của Chính thống giáo Coptic, lãnh đạo của khối Kitô hữu đông nhất tại Ai cập với gần 4 triệu tín hữu. (Cũng cần nhớ rằng Kitô giáo đã được chính Thánh sử Mátcô thành lập gần 2.000 năm trước.) Hai vị đã nói về nhu cầu đại kết trong Giáo Hội và tình liên đới giữa các Giáo hội Kitô ở Trung Ðông mà hiện nay đang bị áp lực nặng nề của khối Hồi giáo đa số và nhiều khi lại bị bách hại từ những thành phần Hồi giáo cực đoan. Ðức Thánh Cha cũng đã đến thăm Ðại học Al-Azhar nổi tiếng của Hồi giáo để tiếp xúc với Ðại giáo trưởng Tantawi và các giáo sĩ Hồi giáo. Ðại giáo trưởng Tantawi đã ca ngợi Ðức Thánh Cha là "người khôn ngoan, thông thái, bảo vệ hoà bình, tình thương, và các giá trị luân lý cũng như cổ võ các nhân đức" và nhấn mạnh đến nhu cầu đối thoại và quan hệ giữa các nền văn hoá tôn giáo như là bảo đảm cho tương lai của xã hội loài người.

Cuộc cử hành Thánh Lễ ngoài trời với 15.000 người tham dự ở sân vận động Cairo vào ngày thứ Sáu 25.02.2000 là một biến cố đáng ghi nhớ cho cộng đoàn Công Giáo bé nhỏ ở nước Ai cập. Mặc dầu chỉ là một thiểu số rất nhỏ với khoảng 180.000 người, Giáo hội Công giáo Coptic được thành hình từ thế kỷ 18 sau khi một số người thuộc Giáo hội Chính thống Coptic quay về hiệp thông với Toà Thánh, vẫn cố gắng tiếp tục làm chứng tá cho đức tin sống động của mình nhất là trong lãnh vực giáo dục. Ðiều đáng nói ở đây nữa, đó là Thánh lễ đã được cử hành vào ngày thứ Sáu là ngày nghỉ lễ của Hồi giáo và cũng đã được trực tiếp trình chiếu trên đài truyền hình quốc gia.

Cùng ngày sau đó, Ðức Thánh Cha đã tham dự buổi cầu nguyện đại kết ở Nhà thờ Chính toà Công Giáo Coptic với khoảng 1.500 người tham dự thuộc mọi thành phần Kitô giáo của cả nước Aicập. Trong dịp này, Ðức Gioan Phaolô II một lần nữa thiết tha mời gọi mọi giới lãnh đạo và các nhà thần học của Kitô giáo qua việc đối thoại đầy tình huynh đệ và sự kiên nhẫn cùng tìm hiểu với ngài về vai trò của giáo hoàng trong việc phục vụ yêu thương nhằm hiệp nhất mọi Kitô hữu.

Nhưng chính ngày thứ Bảy 26.02.2000 mới là chóp đỉnh và là mục đích chuyến hành hương đi Ai cập của Ðức Thánh Cha khi ngài đặt chân đến Núi Sinai, nơi Thiên Chúa đã hiện ra với Môsê trong bụi gai lửa đỏ và sau này ban Mười Ðiều Răn cho ông. Tại Tu viện Thánh nữ Catarina thành Alexandria ở chân Núi Sinai, Giám mục Damianos thuộc Giáo hội Chính thống Hy lạp đã hướng dẫn Ðức Thánh Cha đến cầu nguyện trước thánh tích Thánh nữ Catarina và thăm "Nhà Nguyện Bụi Gai Cháy" với bàn thờ cổ có từ năm 330. Ðức Thánh Cha sau đó đã cầu nguyện với khoảng 500 người, đa số là tín hữu Công Giáo Coptic. Trong thâm tâm, Ðức Thánh Cha Gioan Phaolô II muốn cuộc hành hương đến Núi Sinai cũng được đánh dấu bằng cuộc cầu nguyện của các lãnh đạo thuộc ba tôn giáo độc thần lớn nhất thế giới là Kitô giáo, Hồi giáo và Do thái giáo. Tuy nhiên, ước muốn của ngài đã không được thực hiện vì lý do nền hoà bình tại Trung Ðông vẫn còn đang rất mong manh. Dù sao đi nữa, mục đích chuyến đi Sinai của Ðức Gioan Phaolô II đã đạt được và ít nhiều đã tạo nên những ấn tượng tốt đẹp về phía anh em Chính thống giáo Coptic và Hồi giáo.

Cuộc hành hương Năm Thánh của Ðức Thánh Cha Gioan Phaolô II được tiếp tục với chuyến công du lần thứ 91 từ ngày 20 đến 26.03.2000, đưa ngài đến các lãnh thổ Jordanie, Israel và Palestine.

Ngày thứ Hai 20.03, Ðức Thánh Cha đã được Quốc vương Abdullah II cùng các chức sắc Công giáo lẫn Hồi giáo tiếp đón một cách trọng thể tại phi trường thủ đô Amman. Tuy Toà Thánh luôn nhấn mạnh đến tính chất hành hương của chuyến đi lần này của Ðức Thánh Cha, tác giả Tad Szulc, người viết tiểu sử ngài, đã cho biết chuyến công du còn có hai mục đích khác: đẩy mạnh sự hoà giải giữa ba tôn giáo chính (Do thái giáo, Kitô giáo, và Hồi giáo) và nền hoà bình tại Trung Ðông. Mục tiêu thứ ba này đã được thể hiện ngay trong bài diễn văn của ngài tại phi trường khi ngài lên tiếng kêu gọi: "Diễn tiến mưu cầu hoà bình cần phải được tiếp tục, dù nó có khó khăn, có lâu dài đến đâu đi nữa".

Nhưng cao điểm của chặng Jordanie là đỉnh Núi Nebo, nơi theo Kinh Thánh chính ông Môsê đã nhìn thấy miền Ðất Hứa của đoàn người Do thái ông dẫn ra khỏi Ai cập nhưng chính ông lại không thể vào được (Thứ luật 34:1-5). Trong ánh nắng chiều, từ Núi Nebo này Ðức Thánh Cha đã có thể nhìn thấy Biển Chết, thành Giêricô và núi đồi Giêrusalem ở đàng xa. Tại đây, ngài đã cầu nguyện cho sự hoà hợp giữa những người Do thái giáo, Kitô giáo và Hồi giáo,

Qua ngày thứ Ba 21.03, Ðức Thánh Cha đã dâng Thánh Lễ tại sân vận động thủ đô Amman với 50 hồng y và giám mục cho khoảng 70.000 người Công giáo trong đó có đến 15.000 từ Syria, Lyban và Irak. Ngài cũng đã gặp gỡ Vua Abdullah II, các vị Thượng phụ và Giám mục. Cuối cùng, ngài đi thăm Wadi Al-Kharrar trong Thung lũng Jordanie, nơi xưa kia Gioan Tẩy giả làm phép rửa. Tại đây, Ðức Gioan Phaolô II đã cầu nguyện với Thiên Chúa và tưởng nhớ đến việc Chúa Giêsu chịu phép rửa.

Sau khi rời Jordanie, Ðức Thánh Cha đã đến Israel hôm thứ Ba 21.03 và được giới lãnh đạo chính quyền Israel tiếp đón trọng thể tại phi trường Tel-Aviv. Ðây là chuyến viếng thăm chính thức đầu tiên của một vị giáo hoàng đến quốc gia này. Thật ra vào năm 1964, Ðức Phaolô VI đã đặt chân đến đây nhưng lúc đó chưa có quan hệ ngoại giao giữa Toà Thánh và Israel mãi cho đến năm 1994. Cũng phải nói rằng, đây không phải là chuyến viếng thăm Ðất Thánh của Ðức Gioan Phaolô II bởi vì 35 năm trước đó ngài cũng đã đến vùng này khi còn là Tổng Giám mục Tổng Giáo phận Krakow ở Ba lan.

Qua ngày thứ Tư 22.03, Ðức Thánh Cha từ sáng sớm đã đi thăm địa danh Qars el Yahud ở bờ tây ngạn sông Jordan, một địa điểm cũng được tương truyền là nơi Gioan Tẩy giả làm phép rửa. Thật ra, chuyến thăm này không có trong chương trình lúc đầu nhưng được thêm vào theo lời yêu cầu của Chủ tịch Arafat và Thủ tướng Do thái Barak để dung hoà với địa điểm làm phép rửa của Gioan Tẩy giả mà Ðức Thánh Cha đã viếng thăm ngày hôm trước tại nước Jordanie.

Sau đó đến Bêlem thuộc vùng tự trị Palestine, ngài đã được lãnh tụ Yasser Arafat và dân chúng Palestine tiếp đón niềm nở. Có điều, trong diễn văn chào mừng Ðức Thánh Cha, lãnh tụ Arafat đã đi ra ngoài bài diễn văn soạn sẵn khi gọi Giêrusalem là "thủ đô vĩnh cửu" của Palestine, để "trả đũa" Tổng thống Weizman và thị trưởng Ehud Olmert khi hai người này cũng đã tuyên bố tương tự như thế cho Israel vào ngày hôm trước. Thật ra, lập trường của Toà Thánh cũng là lập trường của Liên Hiệp Quốc là quốc tế hoá Giêrusalem. Riêng Ðức Thánh Cha, ngài bày tỏ sự cảm thông với nỗi đau khổ của dân Palestine qua bao cuộc chiến và khẳng định họ cũng có quyền có một quê hương, điều mà nhiều nhà phân tích cho là ngài đồng ý với lập trường của Palestine là họ sẽ hình thành một quốc gia.

Dẫu vậy, bầu khí hành hương vẫn còn đó khi Ðức Thánh Cha dâng Thánh Lễ tại Công trường Máng Cỏ Bêlem, cách hang đá nơi Chúa Giêsu được sinh hạ với những lời cầu bằng tiếng Ả rập, Anh, và Tây ban nha đồng thời theo các nghi thức Maronite, Byzantine và Latinh để phản ảnh sự đa dạng của các truyền thống Công giáo ở Ðất Thánh.

Ðức Thánh Cha cũng đã đến thăm Trại tị nạn Dheisheh của Palestine tại vùng Tây ngạn, nơi dung thân của khoảng 10.000 người thuộc các gia đình đã chạy trốn hoặc bị đuổi khỏi nhà sau khi nước Israel được thành lập năm 1949. Ngài đã bày tỏ sự đau buồn vì thảm cảnh của những người tị nạn bị tước đoạt những quyền căn bản nhất của con người như nhà ở, giáo dục, y tế, công ăn việc làm.

Vào ngày thứ Năm 23.03, Ðức Gioan Phaolô II đã gặp các giáo trưởng Do thái giáo, Tổng thống Weizman, thăm Bảo tàng viện Holocaust, dự cuộc họp liên tôn ở Thính đường Giáo hoàng học viện Ðức Bà tại Giêrusalem, và dâng Thánh lễ tại Nhà Tiệc ly.

Trong cuộc viếng thăm Bảo tàng viện Holocaust tưởng niệm 6 triệu người Do thái đã bị Ðức Quốc Xã sát hại thời Ðệ II Thế chiến, Ðức Thánh Cha đã bày tỏ sự đau buồn vì trong quá khứ đã có những Kitô hữu bách hại hay bài-Do thái. Mặc dầu một số người Do thái cho rằng Ðức Thánh Cha đã bỏ lỡ cơ hội để lên tiếng về cái gọi là "sự im lặng" của Ðức Piô XII trong thời gian người Do thái bị sát hại, họ quên rằng chính ngài đã ra công rất nhiều để cứu vớt bằng cớ là khi ngài qua đời vào năm 1958, chính bà Ngoại trưởng Golda Meir lúc bấy giờ của Israel đã bày tỏ như sau: "Khi cuộc tử đạo kinh hoàng ập đến dân tộc tôi, Ðức Giáo hoàng [Piô XII] đã lên tiếng thay cho những nạn nhân". Một điều cũng cảm động trong trong dịp đi thăm Bảo tàng viện Holocaust là Ðức Thánh Cha đã gặp gỡ những nạn nhân Do thái còn sống sót trong đó có bà Edith Zierer, 68 tuổi, mà 55 năm về trước, chính ngài lúc đó còn là chủng sinh tại Krakow đã đem trà, bánh và phó mát cho ăn khi cô bé 14 tuổi này vừa ra khỏi một trại lao động của Ðức Quốc Xã cuối thời Thế chiến II; đồng thời ngài cũng cõng bà trên lưng đi 3 km đến một trạm xe lửa.

Trước đó, tại Nhà nguyện Tiệc ly sáng cùng ngày, Ðức Thánh Cha đã cử hành Thánh lễ đồng tế với 12 vị bản quyền vùng Ðất Thánh, và với các Hồng y cũng như Giám mục đi cùng. Ðức Thánh Cha nhân dịp này đã ký ban hành lá thư gửi cho các linh mục dịp thứ Năm Tuần Thánh sắp đến.

Sang ngày thứ Sáu 24.03, Ðức Thánh Cha đã dâng Thánh Lễ ở Núi Tám Mối Phúc Thật cho khoảng 140.000 người trẻ đến từ hơn 80 quốc gia. Mặc dầu rất mệt mỏi do đi lại nhiều và tuổi già sức yếu, Ngài như thường lệ tỏ ra rất năng động mỗi khi có dịp tiếp xúc với giới trẻ. Tại đây, Ðức Thánh Cha kêu gọi người trẻ hãy chọn lấy Thiên Chúa và đi rao giảng sứ điệp Mười Ðiều Răn và Tám Mối Phúc Thật. Ngài cũng đã đến thăm Nhà thờ Bánh Hoá Ra Nhiều và Nhà thờ Quyền Tối thượng của Thánh Phêrô ở Tabga ở phía tây bắc bờ Hồ Galilê. Rồi Ðức Thánh Cha cũng đã viếng Nhà Thánh Phêrô ở Caphanaum nay là một Ðền do các cha Dòng Phanxicô chăm sóc.

Vào ngày thứ Bảy 25.03 nhằm ngày Lễ Truyền Tin, Ðức Gioan Phaolô II đã dâng Thánh Lễ tại Nhà thờ Truyền Tin ở Nazarét. Tại đây, ngài kêu gọi mọi con cái Giáo Hội hãy canh tân lòng tin của mình theo gương Mẹ Maria xưa và bảo vệ gia đình khỏi mọi nguy hiểm của các giá trị thế tục. Ngài cũng đến cầu nguyện tại Ðền thờ Vườn Giếtsêmani một thời gian khá lâu, tưởng nhớ lại sự đau khổ của Chúa Giêsu trong Vườn Cây Dầu ngày xưa. Một biến cố khác trong ngày này là cuộc gặp mặt đại kết trong Ðại điện của Chính thống giáo Hy lạp tại Giêrusalem với đại diện của các giáo hội Kitô có mặt tại Ðất Thánh.

Trong ngày cuối cùng của chuyến hành hương Ðất Thánh, Chúa Nhật 26.03, Ðức Thánh Cha đã gặp gỡ Ðại Giáo trưởng Ekrema Sabri của Hồi giáo tại Văn phòng của ông gần Ðền Hồi giáo al-Asqua. Ðức Thánh Cha sau đó đã đến Bức Tường phía Tây hay còn gọi là Bức Tường Than Khóc, nơi thiêng liêng của người Do thái ở Giêrusalem, để đứng cầu nguyện.

Trước khi trở về Rôma cùng ngày, Ðức Thánh Cha còn đi viếng Ðền Mộ Thánh Chúa và cử hành Thánh Lễ tại Nguyện đường Hiện Ra nơi Maria Mađalêna gặp Chúa Kitô Phục Sinh.

Cuộc hành hương Năm Thánh của Ðức Thánh Cha Gioan Phaolô II đã đưa ngài đến những miền đất ghi lại lịch sử cứu độ của nhân loại có liên hệ đến Abraham, Môsê và đặc biệt tại những địa điểm có liên quan đến cuộc đời của Chúa Giêsu.

Bên cạnh ý nghĩa thiêng liêng đó, sự hiện diện của Ðức Thánh Cha cũng đã nâng đỡ tinh thần rất nhiều cho anh chị em Kitô hữu đang sinh sống tại đây và hiện gặp rất nhiều khó khăn về mọi mặt (văn hoá, chính trị và kinh tế) đến nỗi nhiều người phải đi qua nước khác sinh sống. (Tỉ lệ Kitô hữu trong vùng Ðất Thánh vào thế kỷ 20 đã giảm từ 13% xuống còn 2% trong tổng số dân).

Ngoài ra, công cuộc đại kết giữa các giáo hội Kitô là một trong những quan tâm của Ðức Thánh Cha được biểu lộ qua những cuộc gặp gỡ và cầu nguyện chung trong chuyến hành hương.

Cũng cần nói đến việc ngài cố gắng thúc đẩy sự hoà hợp giữa người Do thái và Palestine mặc dầu Toà Thánh không đưa ra những chính sách nào mới về vấn đề này. Nhưng bằng cách cố gắng gặp gỡ và đối thoại, Ðức Thánh Cha hy vọng làm phát khởi niềm mong muốn sâu xa chung sống hoà bình của hai dân tộc trong sự công bằng và bác ái.

Ngoài ra, quan hệ giữa người Công Giáo và người Do thái được cải thiện hơn qua sự nhìn nhận của Ðức Thánh Cha về những lỗi lầm trong quá khứ của một số Kitô hữu đã bách hại người Do thái.

Do đó, cuộc hành hương Năm Thánh của Ðức Thánh Cha quả là một sự thành công vượt bực mà có lẽ trong tương lai, khi ghi nhận lại thành quả lâu dài của nó tại vùng Trung Ðông hiện đang bất ổn, thế giới sẽ không thể quên được hình ảnh một cụ già 79 tuổi vào mùa Xuân năm 2000 đã chống gậy rảo khắp nơi để kêu gọi mọi người hãy phá vỡ bất kỳ sự áp chế nào dù mang danh nghĩa ý thức hệ, chủng tộc, hay tôn giáo nhằm trói buộc niềm khao khát sống hoà bình, tự do, và công chính của tất cả con cái có cùng một Cha trên trời.