Khi còn là đại chủng sinh, Wojtyla đã tỏ ra ham thích cầu nguyện. Các bạn đã trêu chọc và ghi trên một tấm thiệp ghim vào cánh cửa phòng Ngài: "Wojtyla, vị thánh tương lai."

Khi làm linh mục, Ngài tâm sự với linh mục bạn: "Nếu thiếu vắng một đời sống nội tâm sâu sắc, một linh mục sẽ biến thành một nhân viên văn phòng lúc nào không biết, và nơi truyền giáo sẽ biến thành một văn phòng xứ tẻ nhạt, chỉ giải quyết những rắc rối hàng ngày.

Năm 1958, khi Rôma, theo yêu cầu của Hồng Y Wyszynski, bổ nhiệm Ngài làm Giám mục phó ở Krakow, Ngài chấp nhận ngay, không như hầu hết các vị khác thường xin cầu nguyện để tìm thánh ý Chúa rồi trả lời sau. Nhưng sau đó, người ta thấy một linh mục đến tu viện và hỏi một nữ tu nhà nguyện đâu, rồi linh mục ấy vào quỳ trước bàn thờ. "Một giờ trôi qua, rồi một giờ nữa. Một nữ tu rồi vài người nữa, đến và đi trong im lặng. Vào khoảng giờ ăn tối tiếng đồn bắt đầu lan ra rằng người linh mục im lặng kia là giáo sư Wojtyla, và các nữ tu quyết định mời ăn cơm. Nhưng linh mục không rời khỏi chỗ mình. Mẹ bề trên của tu viện đi đến để nhìn vào trong nhà nguyện thì thấy Wojtyla vẫn trầm mặc, hai tay ôm lấy đầu. Tối đó Ngài không ăn gì cả, khi các nữ tu đi ngủ, Ngài vẫn còn ở nhà thờ. Ngài đã tiếp tục cầu nguyện trong 8 giờ đồng hồ."

Năm 1967 Ngài nhậm chức Hồng Y. Chương trình hàng ngày là: "Vào lúc 5 giờ 30 sáng, Người đã ở trong nhà nguyện nhỏ trong khu nhà riêng. Khoảng 7 giờ, Ngài đi tới nhà thờ Francisca ở bên kia đường, cầu nguyện trong một khoảng thời gian dài. Ngài trở về vào lúc 8 giờ để ăn sáng. Sau đó lại tới nhà nguyện nhỏ, đóng cửa lại, làm việc, cầu nguyện và đọc cho đến 11 giờ. Sau 11 giờ, Tổng Giám mục tiếp tại phòng làm việc của Ngài bất kỳ ai muốn nói chuyện với Ngài."

Khi hay tin Ðức Gioan Phaolô I qua đời vào sáng sớm ngày 29-9-78, lúc đó Ngài mới bỏ một thìa đường vào tách trà. "Ngài sững người và tái đi, cánh tay phải vẫn giơ lên. Trong im lặng, tiếng động duy nhất có thể nghe được là tiếng cái thìa rơi xuống mặt bàn. rồi Ngài giam mình trong ngôi nhà nguyện nhỏ suốt mấy tiếng đồng hồ."

Ðứng trước việc sức khoẻ của Ngài gần đây đang xấu đi, "Ngài dành nhiều thời gian sống của mình cho việc cầu nguyện hơn bao giờ hết. Ngay sau khi ngừng làm việc thì Ngài lại bắt đầu cầu nguyện. Cả ngày Ngài cầu nguyện: sau khi dậy vào lúc 5 giờ sáng, ngài cầu nguyện 2 giờ đồng hồ trong nhà nguyện nhỏ trước khi cử hành Thánh lễ; Ngài cầu nguyện trước và sau bữa trưa, trước và sau bữa tối. Ngài cầu nguyện hầu như liên tục cả ngày. Ngay cả trong lúc ngồi trên xe của Giáo hoàng, Ngài cũng bỏ tràng hạt chậm rãi lần các hạt cho đến phút chót khi bước ra khỏi xe. ‘Domine non sum dignus’, Ngài thầm thĩ khi tiếng vỗ tay xung quanh Ngài ập đến." Bằng lời cầu nguyện, Giáo hoàng tự cho phép mình được kết hợp với Thiên Chúa ngay cả trong những giây phút bận rộn nhất trong ngày. "Ðó là sự tìm kiếm nhằm đồng nhất với ý muốn của Chúa Trời." Chính Ðức Gioan Phaolô II đã có dịp giải thích rằng: "Cầu nguyện có nghĩa là đi ngang qua một loạt sân khấu, từ đau đớn đến bình thản, từ tập trung đến buông xuôi. Cầu nguyện bắt đầu từ sự đối thoại và đạt tới một điểm nơi mà chỉ có một mình Chúa hành động: ‘Chúng ta bắt đầu với ấn tượng rằng đó là sáng kiến của mình, thế nhưng đó luôn luôn là sáng kiến của Chúa ở bên trong chúng ta.’"

Tóm lại, Ðức Giáo hoàng rất coi trọng và cũng rất ham thích việc cầu nguyện chiêm niệm, không phải để xuất thế hay siêu thoát, mà để hiệp nhất với Thiên Chúa, hiểu biết ý Người và hoạt động theo ý Người. Mọi sáng kiến hoạt động của Ngài đều phát xuất từ đó: Thông điệp, Tông huấn, Tông thư, Thượng Hội Ðồng Giám Mục, các Hội nghị, các cuộc viễn du mục vụ, các cuộc gặp gỡ các phái đoàn hành hương, gặp gỡ đại kết hay liên tôn. đều được Ðức Giáo hoàng thực hiện trong chiêm niệm và cầu nguyện.